João nasceu no ano de 1385 em Capistrano, pequena cidade dos Abruzos, no reino de Nápoles. Seu pai era um fidalgo angevino que tinha ido para a região na comitiva do Duque de Anjou, e lá se havia fixado. Nada se sabe da sua infância e adolescência, a não ser que estudou humanidades na sua terra natal, indo depois para Perúsia estudar Direito civil e canónico. Casou-se então com a filha de uma família nobre da cidade.
Nesse tempo, a orgulhosa Perúsia levantou-se em armas contra o Rei Ladislau, da Sicília. Na batalha que se seguiu, os perusinos foram vitoriosos, e João, que tentara ser moderador entre as duas forças, viu a sua atitude mal interpretada: foi acusado de favorecer o partido de Ladislau, e de estar em comunicação com o exército inimigo. Isso bastou para o levar ao cárcere. João defendeu-se brilhantemente, mas os homens foram surdos aos seus argumentos. Ele esperava que o Rei Ladislau se interessasse pela sua sorte; ou que o fizesse algum dos magistrados de Perúsia, que tão dedicados se tinham mostrado anteriormente, mas ninguém se interessou por ele, que ficou esquecido na prisão. Era a hora da Providência.
Nas longas e monótonas horas de recolhimento forçado, João começou a considerar a inconstância da amizade humana, o falacioso das glórias deste mundo, e como não se podia fiar senão em Deus. A graça começou a trabalhar na sua alma e, aos poucos, foi pensando em se entregar inteiramente a Deus.
Deus secundava-lhe os planos: pouco depois de ser libertado, a jovem esposa, com quem não tivera filhos, morreu. João dirigiu-se então ao convento franciscano do Monte, perto de Perúsia, da estrita observância, e pediu a admissão. Tinha 30 anos.
Rapidamente se uniu por estreita amizade a São Bernardino de Siena, do qual se fez discípulo. A sua devoção para com a Virgem Maria era terna e profunda. Quando pregava sobre ela, o auditório chorava de emoção.
No final do século xiii, surgiu na comarca de Ancona, em Itália, uma seita religiosa muito perniciosa de monges vagabundos, quase todos apóstatas, com o nome de Fraticelli, que escandalizava a Igreja e a cristandade. O Papa Eugénio IV nomeou Frei João de Capistrano inquisidor contra a seita, para a exterminar de vez, o que ele fez com êxito.
Mas pode-se dizer que a grande missão de sua vida foi a luta contra o temível Maomé II. Este sultão, tendo-se apoderado de Constantinopla no ano de 1456, havia jurado hastear o estandarte otomano no Capitólio de Roma, ameaçando assim toda a cristandade. Era necessária uma reacção imediata e eficaz. O Papa Nicolau V convocou então uma Cruzada, e nomeou São João de Capistrano seu pregador e chefe religioso.
Durante a batalha, armado com a cruz, João de Capistrano animava a todos, aparecendo nos lugares em que os cristãos pareciam fraquejar, conjurando-os em nome de Jesus Cristo. O exército cristão, tomado por um fervor sobrenatural, avançou irresistivelmente contra as linhas islâmicas, rompendo o cerco. Foi tal o ímpeto que o próprio Maomé II foi ferido, sendo o seu exército desbaratado: a cristandade estava salva. Diz-se que nesta batalha morreram mais de 40.000 turcos, sendo relativamente pequenas as perdas dos cristãos. Apesar de Frei João estar sempre no local mais perigoso da batalha, não sofreu o mais leve arranhão, o que foi considerado um facto milagroso.
Toda a cristandade reconheceu que a vitória fora concedida pelo Céu devido às orações e à acção de presença do santo. Apenas três meses depois desta vitória, em 1456, em morria na Hungria, aos 71 anos.