Por via dos maravilhosos desígnios de Deus, Margarida tornou-se Rainha da Escócia. Requintou o esplendor das igrejas e da corte, sabendo aliar admiravelmente profunda piedade e muita firmeza.
Quando, em 1017, o Rei de Inglaterra, Edmundo II, foi assassinado, Canuto II, o Grande, Rei da Dinamarca, aproveitou para concluir a conquista desse país, do qual já detinha algumas províncias, e enviou para a Suécia os dois filhos do Rei falecido, Edmundo e Eduardo, com o intuito de serem mortos. Mas o Rei sueco não quis manchar as mãos com sangue inocente, e mandou os dois órfãos para a Hungria, onde reinava o grande Rei Santo Estevão. Este recebeu-os com todo o afecto, e encarregou-se de lhes dar uma educação de acordo com o seu nascimento. Edmundo morreu sem sucessão, mas Eduardo, chamado do Ultramar ou o Proscrito, casou-se com Ágata, sobrinha do Imperador Santo Henrique e irmã de Gisela, esposa do Rei Santo Estevão. Desse matrimónio nasceram três filhos, Edgard, Cristina e Margarida, esta em 1046.
O pai da santa faleceu em 1057, e seu irmão Edgard tornou-se assim herdeiro directo do Rei de Inglaterra, que não tinha descendentes. Sendo ele ainda menor de idade, e tendo nascido em terra estrangeira, colocaram no trono em seu lugar o Conde Haroldo. Guilherme, o Conquistador, atravessou o Canal da Mancha em 1066 e invadiu Inglaterra, matando Haroldo na Batalha de Hastings, e apoderando-se do trono inglês. Para se subtraírem à tirania do conquistador, Edgard e Margarida, esta com vinte anos, fugiram numa embarcação, pretendendo chegar à Hungria, onde sabiam que seriam bem recebidos. Mas outro era o desígnio da Providência, e durante uma tempestade o barco foi atirado contra as costas da Escócia.
Foram bem recebidos nesse país, pelo Rei Malcolm III, que, encantado com as qualidades de Margarida, a pediu em casamento. Ela alimentava há muito o desejo de, como sua irmã Cristina, se fazer religiosa; mas o confessor fez-lhe ver que poderia auxiliar mais a religião subindo ao trono. Assim, no ano de 1070 realizou-se o casamento de Margarida e a sua coroação como Rainha da Escócia. Aos vinte e quatro anos, foi reputada a mais formosa princesa do século.
Deus abençoou o seu matrimónio com oito filhos, seis homens e duas mulheres, todos tendo seguido a senda da mãe. Dois deles – uma filha, também Margarida, casada com o Rei da Inglaterra, e um filho, David I, Rei da Escócia – foram elevados à honra dos altares.
Um dos cuidados de Margarida foi estabelecer em todo o reino sacerdotes virtuosos e pregadores zelosos. Foi convocado um sínodo, cujas reformas mais importantes foram a regulamentação do jejum da Quaresma e a observância da Comunhão pascal, então quase desaparecidos, bem como a remoção de certos abusos concernentes ao casamento entre pessoas com graus de parentesco proibidos.
Já acamada, na sua última doença, a Rainha teve de passar por uma prova duríssima. Tendo o Rei Guilherme, o Ruivo, de Inglaterra, invadido a Northumberland escocesa, Malcolm organizou um exército para reconquistar esse território. A Rainha pediu-lhe muito que não participasse pessoalmente nessa campanha, mas ele resolveu ir com seus filhos Eduardo e Edgard, julgando que o temor da Rainha se devia à bondade do seu coração. O Rei e seu filho Eduardo foram mortos na batalha, o que acelerou a morte da esposa, que faleceu no dia 16 de Novembro de 1093, aos 47 anos, vindo a ser a Padroeira da Escócia.
