Nascido em Verdú, no principado da Catalunha, no dia 26 de Junho de 1580, uns dizem que seus pais eram da mais alta nobreza, outros que não passavam de camponeses. Mas todos concordam em que eram muito virtuosos e receberam aquele filho como resposta às suas insistentes preces, prometendo consagrá-lo ao serviço de Deus. Também se diz que o pequeno Pedro “amava a virtude antes ainda de a conhecer”.
Alma predestinada, quando chegou à época de continuar os seus estudos em Barcelona, no colégio dos jesuítas, Pedro entrou para a Congregação Mariana, a fim de obter a protecção de sua amada Senhora. Encontrando entre os filhos de Santo Inácio aquilo que a sua alma procurava, pediu a admissão na Companhia, sendo enviado para Tarragona para fazer o noviciado.
Desde o primeiro dia, mostrou a determinação de ser santo e de se fazer missionário, escrevendo no seu diário: “Quero passar toda a minha vida a trabalhar pelas almas, para as salvar e morrer por elas”.
Enviado para Palma de Maiorca para estudar filosofia, conheceu Santo Afonso Rodrigues. Diz um hagiógrafo que “apenas cruzou o umbral do convento, o porteiro caiu de joelhos diante dele, beijou-lhe os pés e cobriu-os de lágrimas; perturbado e confuso, o estudante ajoelhou-se também e, estreitando nos braços o leigo, abraçou-o ternamente”. Interiormente esclarecidos sobre os méritos um do outro, olharam-se com mútuo respeito, com a mesma confiança e o mesmo amor, porque o santo porteiro tinha visto em êxtase as muitas almas que o seu discípulo haveria de ganhar para o Céu na América.
Em Santa Fé de Bogotá, São Pedro concluiu os seus estudos e foi ordenado sacerdote, sendo designado para o colégio de Cartagena, onde haveria de viver mais de 40 anos.
Cartagena de las Índias, na actual Colômbia, era então um dos mais importantes centros comerciais espanhóis do Novo Mundo e o principal porto negreiro; aí chegavam mais de 10.000 escravos por ano, que eram confinados em verdadeiros pardieiros até serem adquiridos por algum senhor. A sua miséria material só encontrava símile na miséria moral. Foi aí que São Pedro Claver começou o seu apostolado com os inúmeros escravos vindos das costas de África.
Ao pronunciar os seus votos de profissão, o santo acrescentara-lhes um quarto, heróico: tornar-se escravo dos escravos. Por isso, foi a eles que Pedro Claver se dedicou desde o início do seu apostolado, auxiliando o P.e Sandoval, que já fazia esse trabalho. Aos poucos, tornou-se pai, consolador, enfermeiro e evangelizador desse povo sofredor, para o qual mendigava nas ruas de Cartagena sem o menor respeito humano, distribuindo depois, de acordo com as necessidades de cada um, o que tinha angariado. Pedro Claver instruía os na santa religião os escravos que chegavam a Cartagena, baptizando-os e velando para que conservassem a prática religiosa. Depois visitava-os nas casas dos seus proprietários, para cuidar da salvação das suas almas e dos seus corpos.
Apesar da sua imensa actividade em prol do próximo, a sua regularidade na vida conventual não sofria detrimento: era dos mais observantes e um modelo para os outros.
Nos últimos quatro anos da sua vida, o santo foi atacado pelo mal de Parkinson, ficando com os pés e as mãos semi-paralisados. Mesmo assim, pedia que o carregassem até ao confessionário.
São Pedro Claver faleceu em 8 de Setembro de 1654, aos 74 anos, sendo declarado por São Pio X especial patrono de todas as missões entre os negros.