A data do nascimento deste Papa é desconhecida. Era filho do Papa Hormisdas, que se unira em legítimo matrimónio antes de se tornar alto clérigo. Silvério entrou ao serviço da Igreja, e era subdiácono em Roma quando o Papa Agapito faleceu em Constantinopla, no dia 22 de Abril de 536.
Acontece que a Imperatriz Teodora, esposa de Justiniano, princesa orgulhosa e imperiosa favorecedora do monofisismo – doutrina herética que afirmava que Jesus Cristo possuía apenas a natureza divina – , quis que fosse eleito um Papa que favorecesse os hereges. O seu candidato era o diácono Vigílio, que estava então em Constantinopla, e que lhe tinha dado garantias de proteger os monofisitas. Com efeito, esta foi a mais importante das primeiras heresias, e nenhum grupo de hereges ou de heresias produziu, até o século vi, tão vasta e importante literatura.
Teodora esperava que o novo Papa anulasse o que o seu predecessor, Agapito, tinha feito contra os hereges. Deu, pois, a Vigílio cartas endereçadas ao General Belisário, seu representante em Itália, ordenando-lhe que tudo fizesse para que o seu candidato fosse eleito Papa.
Mas Teodato, Rei dos Ostrogodos, que era o senhor de Roma, quis impedir a eleição de um Papa que fosse conectado com Constantinopla e, por sua influência, o subdiácono Silvério foi eleito. Embora a eleição de um simples subdiácono fosse invulgar, quando Silvério foi consagrado bispo, provavelmente no dia 8 de Junho de 536, todos os presbíteros romanos aprovaram a sua eleição.
Depois da eleição, a Imperatriz Teodora procurou conquistar Silvério para os monofisitas. Desejava especialmente que ele entrasse em comunhão com o Patriarca de Constantinopla, Antimus, que havia sido ganho para a seita, sendo por isso excomungado e deposto pelo Papa Agapito, e com Severo de Antioquia, igualmente monofisita. Como o Papa nisso não consentiu, a imperatriz resolveu derrubá-lo do trono, para entregar a sé papal a Vigilio.
Ordenou então a Belisário, que tinha conquistado Roma aos ostrogodos, que expulsasse o verdadeiro pontífice, colocando o intruso em seu lugar.
Durante o cerco a Roma pelos bizantinos para conquistar a cidade aos ostrogodos, houve muitos tumultos na Cidade Eterna. As igrejas construídas sobre as catacumbas no exterior da cidade foram devastadas, os túmulos dos mártires partidos e violados. Belisário acabou por derrotar os ostrogodos, tornando-se senhor de Roma. E, em Dezembro de 536, o general bizantino recebeu o Papa Silvério amigável e cortesmente.
Foi então que recebeu ordem de Teodóra para o depor, no que foi pressionado também por sua esposa, Antonia. Para dar uma aparência de legalidade a essa deposição arbitrária, os inimigos do Papa acusaram-no de alta traição por, durante o cerco de Roma, ter mantido correspondência com o inimigo. Para tal, forjaram uma carta ao rei dos ostrogodos, em que Silvério o convidava a entrar na cidade, comprometendo-se a abrir-lhe as portas.
Como o Papa Silvério permanecesse firme em relação aos hereges, tiraram-lhe o pálio, despojarm-no de todos os ornamentos pontificais e revestiram-no de um hábito monástico. Foi então publicado que Silvério havia sido deposto, tornando-se monge. No dia seguinte, 22 de Novembro de 537, Vigilio foi eleito para o seu lugar. O Papa verdadeiro foi exilado em Pátara, cidade da Lícia, na Ásia.
Um ano depois, São Silvério morria de fome e dos outros incómodos do exílio. Foi enterrado em Palmária, e logo Deus testemunhou, por muitos milagres, que a sua morte era preciosa a seus olhos: todos os doentes que acorriam ao seu túmulo eram curados.
